“BT+IT”推動的生物制造的合成生物學(xué)解決方案 資料來源:專家訪談,動脈智庫制圖

既有酶的開發(fā)利用已逐漸產(chǎn)業(yè)化。在生物制造領(lǐng)域,體外酶法工藝是一種重要的途徑。這種方法的核心在于從最終產(chǎn)品出發(fā),逆向?qū)ふ夷軌蚝铣赡繕?biāo)產(chǎn)物的路徑及其相關(guān)酶。AI在探索合成路線、發(fā)掘新酶以及改造酶的整個(gè)生物合成過程中,已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了產(chǎn)業(yè)化的應(yīng)用。通過結(jié)合AI技術(shù)和合成生物學(xué),香蘭素的研發(fā)周期和產(chǎn)業(yè)化周期都顯著縮短,從原來的5年減少到1.5年。同時(shí),研發(fā)成本和終端產(chǎn)品的成本也降低了大約一半,極大地提升了制造上的競爭力。

蛋白質(zhì)從頭設(shè)計(jì)取得突破性進(jìn)展。蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域“鼻祖”David Baker發(fā)文宣布,首次使用生成式人工智能從頭設(shè)計(jì)出了全新的抗體。設(shè)計(jì)過程主要包括以下三個(gè)步驟:首先,運(yùn)用人工智能生成新的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu);其次,通過ProteinMPNN算法生成氨基酸序列,這一步驟顯著提高了運(yùn)算效率和設(shè)計(jì)質(zhì)量;最后,使用AlphaFold系統(tǒng)獨(dú)立評估這些氨基酸序列能否折疊成預(yù)期的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。通過這一流程,研究人員在實(shí)驗(yàn)室中成功合成了具有預(yù)期功能的新蛋白質(zhì)。

通過蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)得到的新的蛋白質(zhì)將在多個(gè)領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用,包括:新型疫苗、包含有非天然氨基酸的蛋白質(zhì)、新型藥物輸送載體、智能療法以及高性能生物材料等。

基因線路設(shè)計(jì)、代謝通路設(shè)計(jì)正在突圍中。細(xì)胞工廠的設(shè)計(jì)與改造涉及對現(xiàn)有生命系統(tǒng)的基因線路進(jìn)行設(shè)計(jì)、構(gòu)建以及代謝通路的改造,這一過程包括對各種基因元件,如啟動子、轉(zhuǎn)錄因子、調(diào)控元件等的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和線路組裝。這些因素使得細(xì)胞工廠的構(gòu)建過程變得更為復(fù)雜,且相關(guān)研究仍處于初級階段。目前,研究主要集中在生物元件的改造、密碼子的優(yōu)化等環(huán)節(jié),而基因線路設(shè)計(jì)和代謝通路設(shè)計(jì)等細(xì)胞工廠核心設(shè)計(jì)領(lǐng)域仍需更多時(shí)間的積累和研究。

此外,AI在測序、生物元件優(yōu)化、數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、文獻(xiàn)挖掘等方面發(fā)揮了重要作用并取得了一系列成果,但未來“AI+合成生物學(xué)”在深度整合與創(chuàng)新發(fā)展方面仍有廣闊的空間和潛力。

非糧原料真的能降本嗎?

目前,我國工業(yè)用糧年度消耗量在1600億斤以上,約占我國糧食整體消費(fèi)總量的9.64%。其中,玉米、大豆,以及“三薯”等,已成為燃料乙醇、食品、醫(yī)藥等工業(yè)部門的重要原料。

隨著生物制造產(chǎn)業(yè)化需求的不斷增長,糧食原料需求量變的十分龐大。

以高值產(chǎn)品均價(jià)計(jì)算,目前生物制造的市場規(guī)模約為2.8億噸產(chǎn)品。如果假設(shè)所有原料都使用玉米,且按最低單耗量算,那么所需的玉米量將超過全球玉米產(chǎn)量的2/3。

可見,以糧食作為主流碳源已無法支撐生物基產(chǎn)業(yè)大規(guī)模發(fā)展,解決原料獲得性瓶頸成為關(guān)鍵。發(fā)展非糧原料,拓寬原料范圍,成為必經(jīng)之路。

按照種類劃分,非糧原料可分為非糧生物質(zhì)原料和非生物質(zhì)原料。非糧生物質(zhì)原料包括:纖維素類原料,如秸稈、玉米芯、林木廢棄物等,其中農(nóng)業(yè)廢棄物每年約9.6億噸,林業(yè)廢棄物約3.6億噸;畜禽糞便以及有機(jī)生活垃圾,我國畜禽養(yǎng)殖每年產(chǎn)生的糞便總量超38億噸,每年產(chǎn)生的廚余垃圾約1.3億噸;廢棄海洋生物質(zhì),如藻類、殼類等。非生物質(zhì)原料主要是氣體類原料,主要包括CO、CO2等,我國每年產(chǎn)生約1萬億m³工業(yè)尾氣,4000噸機(jī)動車尾氣。

按照生物制造過程中原材料以及利用方式的不同,可以劃分為三個(gè)代際:第一代為糧食原料時(shí)代,是當(dāng)前階段主要的生物制造手段;第二代為非糧生物質(zhì)原料時(shí)代,技術(shù)積累已基本完備,多家企業(yè)已率先將秸稈轉(zhuǎn)化為較高價(jià)值產(chǎn)品,未來幾年將不斷突破更多非糧生物質(zhì)的生物制造開發(fā)利用;第三代為氣體原料時(shí)代,如CO2、CO等,但其技術(shù)路線還不完善,當(dāng)前仍處于早期階段,距離大規(guī)模產(chǎn)業(yè)應(yīng)用尚有距離,預(yù)計(jì)可能至少需要十年才能成熟。

生物制造不同原材料技術(shù)路線 資料來源:山西證券、公開資料,動脈智庫補(bǔ)充制圖

非糧原料真的能降本嗎?能否算過來經(jīng)濟(jì)賬?

當(dāng)前,在非糧生物質(zhì)資源利用上,主要聚焦在秸稈領(lǐng)域;而非生物質(zhì)原料方面,主要聚焦在CO2的利用上。無論是哪種途徑的非糧化,在很多情況下的降本計(jì)算,都是在理想情況下的核算,且多數(shù)降本率在10%-30%。

以秸稈糖為例,生產(chǎn)燃料乙醇的成本,相較于玉米原料,有一定降低。玉米生產(chǎn)乙醇成本約7000-8000元/噸,而秸稈糖生產(chǎn)燃料乙醇成本約在5000-6200元/噸,秸稈較玉米原料生產(chǎn)乙醇的成本降低了大約30%。

以CO2為例,煤炭制甲醇的生產(chǎn)成本約2000-2700元/噸,離子液體電還原CO2制甲醇,在最佳工藝下,成本為傳統(tǒng)甲醇的88%,降本約12%。

此外,有專家預(yù)測,隨著技術(shù)的持續(xù)突破和眾多企業(yè)的加大投入,CO2有望成為優(yōu)先實(shí)現(xiàn)商業(yè)化利用的原料。

可見,當(dāng)前非糧原料在生物制造中的應(yīng)用尚未真正步入商業(yè)化階段,或者說,從經(jīng)濟(jì)角度考慮,它們尚未達(dá)到成本效益的平衡點(diǎn)。非糧原料的生物制造應(yīng)用是一個(gè)漫長的過程,在這個(gè)過程上,仍然有一些問題需要思考和解決:非糧原料的利用是否會增加工藝難度和成本?如何突破非糧原料分解或酶解的技術(shù)難題?高附加值的生物制造產(chǎn)品是否有必要用非糧原料?在大宗產(chǎn)品中,哪些產(chǎn)品更適合使用非糧原料?非糧原料利用的高峰期何時(shí)到來?……這些問題仍需集結(jié)多方力量,繼續(xù)探討。

發(fā)酵優(yōu)化放大瓶頸如何解?

中試被認(rèn)為是生物制造的“死亡谷”,包括發(fā)酵優(yōu)化放大和發(fā)酵后處理兩個(gè)環(huán)節(jié)。其中,發(fā)酵優(yōu)化放大是實(shí)現(xiàn)倍數(shù)級產(chǎn)量提升的關(guān)鍵步驟,被認(rèn)為是商業(yè)化過程中的關(guān)鍵環(huán)節(jié),而發(fā)酵后處理則是保證最終產(chǎn)品的純度和質(zhì)量的主要手段。

目前,從整個(gè)發(fā)酵的實(shí)施來看,發(fā)酵后處理基于多年的經(jīng)驗(yàn)積累,其設(shè)備以及工藝技術(shù)幾乎可以滿足目前生物制造產(chǎn)業(yè)化需求,并且受限于其本身具有分散、共用生產(chǎn)線、人工依賴性強(qiáng)等特點(diǎn),短期內(nèi)單一設(shè)備和單一管線設(shè)備的自動化和智能化有較大的實(shí)施可能性。

在發(fā)酵優(yōu)化放大過程中,當(dāng)放大到中試或工業(yè)規(guī)模時(shí),會面臨諸多問題,例如:反應(yīng)器的傳熱和傳質(zhì)效率下降;過程數(shù)據(jù)的采集、處理、分析、反饋和調(diào)控存在困難;過程數(shù)據(jù)與工程菌代謝之間缺乏有效的聯(lián)動和耦合。其中,放大過程中的傳質(zhì)和傳熱問題是一個(gè)復(fù)雜的學(xué)科領(lǐng)域。目前來看,國內(nèi)外在這一領(lǐng)域并不存在本質(zhì)性的差距。因此,設(shè)備本身并不是當(dāng)前亟需解決的問題,而是需要長期的積累和探索。

“過程數(shù)據(jù)處理及自動化智能化調(diào)控”被認(rèn)為是目前解決發(fā)酵放大環(huán)節(jié)問題的最有效的途徑。

工程菌/酶本身具有及其復(fù)雜的代謝網(wǎng)絡(luò),發(fā)酵過程中產(chǎn)生大量數(shù)據(jù)信息,包括:溫度、pH值、溶氧、攪拌速度、壓力、底物濃度、產(chǎn)物濃度、代謝副產(chǎn)物、尾氣等。這些信息極大地反映了發(fā)酵菌株/酶和反應(yīng)器的實(shí)時(shí)狀態(tài)。相關(guān)從業(yè)人員提到,在發(fā)酵放大過程中,一旦發(fā)酵批次同時(shí)達(dá)到10次以上,人工操作的復(fù)雜性和出錯(cuò)的可能性就會顯著增加。因此,必須借助數(shù)據(jù)科學(xué)算法,以便簡便易操作地快速形成可視化結(jié)論,找到合理的優(yōu)化調(diào)控方案,進(jìn)而下達(dá)準(zhǔn)確、可靠的執(zhí)行操作。

通過先進(jìn)的傳感系統(tǒng)、算法、計(jì)算平臺、以及適配發(fā)酵經(jīng)驗(yàn)的計(jì)算系統(tǒng),同時(shí)融入機(jī)器學(xué)習(xí)和數(shù)字孿生等手段,將感知系統(tǒng)、決策系統(tǒng)和執(zhí)行系統(tǒng)形成一個(gè)閉環(huán),實(shí)現(xiàn)分析、反饋、執(zhí)行的自動化,才能有效解決發(fā)酵優(yōu)化放大瓶頸,跨過生物制造“死亡谷”。

發(fā)酵優(yōu)化放大的過程數(shù)據(jù)處理及自動化智能化調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 資料來源:專家訪談、動脈智庫制圖

此外,將技術(shù)-工藝-產(chǎn)業(yè)串聯(lián)起來的人才同樣是突破發(fā)酵優(yōu)化放大瓶頸的關(guān)鍵驅(qū)動力之一。具體來講,這類人才能夠?qū)⑸嫌窝邪l(fā)、中試放大和市場需求三個(gè)環(huán)節(jié)有效聯(lián)動。從源頭的菌株設(shè)計(jì)到中試優(yōu)化放大,再到市場需求的分析,他們能夠?yàn)楫a(chǎn)業(yè)提供全面的支持。

如何挖掘“爆品”所在賽道?

尋找“爆品”首先在于找賽道,精準(zhǔn)定位產(chǎn)品賽道是商業(yè)化成功的關(guān)鍵。企業(yè)篩選產(chǎn)品的核心在于理解其需求量、增量市場、單位價(jià)值以及面臨的核心挑戰(zhàn)。根據(jù)終端產(chǎn)品需求體量和單位價(jià)值,生物制造產(chǎn)品可以劃分為三類:低量高價(jià)、中量中價(jià)和高量低價(jià)。不同品類產(chǎn)品具有不同的特點(diǎn)、商業(yè)化程度及面臨的挑戰(zhàn),這些因素都是決定在相關(guān)細(xì)分領(lǐng)域中做出選擇的重要考量。

生物制造產(chǎn)品分類、特點(diǎn)及其相關(guān)子賽道和細(xì)分領(lǐng)域情況 資料來源:公開資料、BCG,動脈智庫制圖

低量高價(jià)產(chǎn)品的年需求量大約在千克級別,甚至有些達(dá)到克量級,其銷售價(jià)格多以毫克為單位。這類產(chǎn)品主要面向高端市場,擁有較大的利潤空間大。然而,它們對創(chuàng)新技術(shù)和研發(fā)經(jīng)費(fèi)的要求極高,往往需要經(jīng)歷較長時(shí)間才能實(shí)現(xiàn)商業(yè)化。此外,市場容量相對有限,其下游產(chǎn)品主要包括生物創(chuàng)新藥和特殊用途的功能性蛋白/多肽。這類產(chǎn)品更適合那些擁有強(qiáng)大品牌影響力和技術(shù)壁壘的企業(yè)。

中量中價(jià)產(chǎn)品的年需求量大約在幾十萬噸到幾百萬噸,這類產(chǎn)品涉及的領(lǐng)域廣泛,市場競爭較為激烈。它們主要包括生物醫(yī)藥領(lǐng)域的原料藥和醫(yī)藥中間體,食品與營養(yǎng)領(lǐng)域的甜味劑、香精香料和營養(yǎng)添加劑,農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的生物育種和生物農(nóng)藥,以及消費(fèi)個(gè)護(hù)領(lǐng)域的功能性小分子等。由于市場競爭激烈,相關(guān)企業(yè)需要具備較強(qiáng)的市場敏感性,能夠及時(shí)做出調(diào)整。因此,產(chǎn)品或技術(shù)應(yīng)具有較好的延展性,例如基因編輯技術(shù)CRISPR-Cas9,它已被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)、食品、基礎(chǔ)研究等多個(gè)領(lǐng)域。此外,產(chǎn)品的適用性和安全性也是關(guān)鍵因素。許多產(chǎn)品因法律法規(guī)或行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的限制,其產(chǎn)業(yè)化過程可能需要一段等待期。

高量低價(jià)產(chǎn)品的年需求量通常在數(shù)百萬噸以上,甚至達(dá)到億噸規(guī)模。這類產(chǎn)品的量產(chǎn)對成本控制和產(chǎn)業(yè)化能力提出了極高的要求。它們主要包括生物基化學(xué)品、生物能源、生物肥料以及替代蛋白等。由于初創(chuàng)企業(yè)難以承擔(dān)如此高昂的資金成本和長時(shí)間的投入,這類產(chǎn)品的生物制造技術(shù)一旦取得突破,往往很快會被行業(yè)龍頭企業(yè)所壟斷。同時(shí),這些產(chǎn)品在供應(yīng)鏈管理、成本控制和市場營銷等方面面臨巨大挑戰(zhàn),市場競爭尤為激烈。

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